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提升了眼科的服务能力。在实际临床工作中，他发现许多老年患者因经济原因不能得到及时治疗。看到病人忍受着病痛，他内心很焦急，他利用自身专业优势，与吐鲁番市残联沟通协商，争取到为100名贫困白内障患者免费手术项目。他与学校及附属医院联系，学校各方面积极筹措，提供援疆资金10万元，专项用于100名贫困患者白内障复明。
邓爱军在援疆一年中，经常利用周末时间组织下乡义诊，共为700多名患者进行了诊疗。在阳光社区辖区阳光花苑小区门口的义诊现场，他轻声的问候、微笑的关怀、专业的技术、细致的检查，免费配送的眼药水，让来到现场的老人无不乐呵呵地竖起大拇指，直呼“亚克西、热合买提”！
他说，眼科疾病是不容人类忽视的疾病，若空有健康的身体，却没有明亮的双眸，再美好的事物也形同虚设，因此爱眼护眼势在必行。对于医院和医生而言，医术若是根基，医德就是根本。回馈社会，让义诊“有始有终”，让百姓得以“心明眼亮”将是给他们最好的礼物！
三、强化内涵建设 为医院留下一支带不走的队伍
作为援疆干部，他要把内地的经验移植过来，要把内地的项目落实下来，要把内地的人才引进过来，为此，他争取项目资金支持，奔赴各地为医院网罗人才。作为吐鲁番市人民医院领导班子成员，他为医院发展建言献策，积极做好分管工作；作为一名眼科博士，他每周二、周四会准时出现在专家门诊，手术带教、教学查房、业务培训，到处都可以看到他忙碌的身影……
按照来疆时组织部的工作分工，邓爱军的主要工作放在吐鲁番市人民医院。通过指导科教部完善临床教学管理制度和督导制度，印制教学工作本，建立周二全院教学工作日制度，逐步规范了科教工作。
在医疗管理方面，指导医务部日常工作，重新修订了医院18项核心制度，并装订成手册，定期组织考核，强化了科室规范行医的意识。他还推进临床路径工作开展，医院临床路径由原来的50余个，上升到150个，完成率明显提高。他还发挥专业特长，指导医院的信息化建设工作，帮助医院完成18个模块信息系统互联互通，将信息系统用于医院管理，帮助解决临床使用中发现的问题。在人才引进方面，他积极与内地医学院校联系，并奔赴五省十余所院校人才招聘会，帮助受援医院招录80余名医学人才，极大的缓解了医院缺人的现状，为医院发展储备了人才。
为了提高眼科的医疗质量水平，培养一支业务精、素质高的医疗队伍，在临床工作中，邓爱军积极发挥援疆专家“传、帮、带”作用，重点加强对医护人员的业务培训，每周进行一次教学查房、业务讲座，定期组织专项技能培训，开展疑难病例讨论，手把手，耐心细致地为临床医护人员传授新理念、新技术、新方法，并带领医院眼科开展白内障摘除等手术。不仅使他们开阔了眼界，还增长了业务知识。眼科木拉提·阿不列孜作为邓爱军手把手带的徒弟，经过一年多悉心培养，现在已熟练掌握了青光眼、白内障等眼科手术的操作。
四、医者之路 砥砺前行
日日行，不怕千万里；常常做，不怕千万事。
2017年11月9日，山东省第17批博士团考核组一行到吐鲁番市人民医院对邓爱军同志进行援疆工作考核，经综合评定，邓爱军同志服务期考核评定为“优秀”。
综合评定考核的结束，其实就意味着他的援疆工作已经画上了最圆满的句号，他就可以休整准备返乡了，然而他依然放不下临床工作。11月23日，他又完成3台白内障手术，为表彰邓爱军同志为吐鲁番市人民医院发展做出的突出贡献，吐鲁番市人民医院研究决定，授予邓爱军同志援疆工作“优秀共产党员”、“优秀援疆领导”的荣誉称号。
不是每朵鲜花都能盛开在雪山之巅，雪莲做到了；不是每棵大树都能屹立在戈壁之上，胡杨做到了；不是每个人都能来援疆而且能再次援疆，他做到了。两次援疆，给了邓爱军两次不同的体会，而每一次体会都让邓爱军更加热爱他的事业。